انجمن‌های علمی حوزه‌ نهادی علمی است که اساتید و صاحب‌نظران رشته‌های مختلف علوم انسانی ـ اسلامی با هدف توليد، تعميق، تقويت دانش تخصصي، نظريه پردازي و آزاداندیشی آن را به وجود مي‌آورند. بسیاری از اساتید و متخصصیان حوزوی با توجه به محدودیت و بورکراسی ساختارهاي رسمي و نهادهاي مرسوم، از طریق تشکیل محافل علمی و تعاملات و گفت‌وگوی عالمانه تلاش کردند تا با هم‌افزايي و همفكري، راه‌هاي دستيابي به توليد انديشه را فراهم و با تبادل افكار، زمينه پيدايش گروه­هاي علمي را ايجاد نمايند.

به همین منظور، از آغاز دهه 80 تعدادی از فرهیختگان حوزه به تأسيس انجمن­هايي در حوزه­هاي تخصصي اقدام نمودند و به تدريج زمينه شكل­گيري و رسميت بخشي به اين نهادهاي علمي در حوزه علميه به وجود آمد. متعاقب آن، شورای عالی حوزه‌هاي علميه به منظور تدارک زیرساخت‌ها و ساماندهی به روند تأسیس و گسترش انجمن‌ها، بر اساس مصوبه شماره 428 مورخه 4/11/1382  به تأسیس کمیسیون انجمن‌ها و قطب‌های علمی و نیز دبیرخانه انجمن‌های علمی حوزه در معاونت پژوهشی حوزه‌های علمیه اقدام نمود با شكل‌گيري كميسيون و دبيرخانه انجمن‌های علمی حوزه، زمينه پشتیبانی مرکز مدیرت حوزه­های علمیه و حمایت دفتر مقام معظم رهبری (حفظه الله تعالی) از انجمن­ها آغاز گردید.

فرايند تأسيس انجمن­ها، هر چند در ابتدا به دليل نبود ساختار و ضوابط مدون با محدودیت­ها و مشكلاتي همراه بود اما در ادامه و با تشكيل شوراي اعطاي مجوزها و امتيازهاي علمي در حوزه این روند سرعت گرفت و 19 انجمن علمی به تصویب رسید و مجوز فعالیت گرفتند: انجمن معرفت‌شناسي حوزه علمیه، انجمن حديث حوزه، انجمن اقتصاد اسلامی حوزه علمیه، انجمن فقه و حقوق اسلامي، انجمن قرآن‌پژوهي، انجمن تاريخ‌پژوهان حوزه، انجمن مهدويت حوزه علمیه، انجمن مديريت اسلامی، انجمن علمی اديان و مذاهب، انجمن اصول فقه حوزه، انجمن تعليم و تربيت اسلامي حوزه علمیه، انجمن روان‌شناسی اسلامی، انجمن قلم حوزه، انجمن كلام اسلامي حوزه علمیه، انجمن مطالعات سياسي حوزه، انجمن مطالعات اجتماعی حوزه، انجمن اخلاق اسلامی و انجمن ارتباطات و تبلیغ.

در سال 1397 دو انجمن علمی مطالعات زنان و خانواده و انجمن علمی مطالعات فضای مجازی نیز در کمیسیون انجمن‌های علمی حوزه به تصویب رسید.